La série conte l'histoire de sept enfants d'une colonie de vacances, les Élus (Tai, Matt, Mimi, Joe, TK, Sora, Izzy et Kari qui, elle, intervient un peu plus tard dans la série), projetés dans le digimonde lors d'un camp de vacances. Arrivés là-bas, ils découvrent qu'ils ont chacun un Digimon qui les attendait. Ils ont été choisis pour sauver le digimonde d'une menace qui pourrait causer des dégâts, aussi bien au monde digital qu'au monde réel. Pour battre des ennemis puissants, les Digimon ont la possibilité de se digivolver et de changer de niveau, grâce aux digivices. Pendant ce processus, les Digimon changent d'apparence et deviennent plus puissants.